Các món ăn Nhật Bản tuân theo quy tắc “tam ngũ”: ngũ vị, ngũ sắc, ngũ pháp. Ngũ vị bao gồm: ngọt, chua, cay, đắng, mặn. Ngũ sắc có: trắng, vàng, đỏ, xanh, đen. Và ngũ pháp là: sống, ninh, nướng, chiên và hấp. 
Trong bữa ăn truyền thống của gia đình Nhật Bản sẽ gồm có các thành phần chính: cơm, cá, rong biển, đậu nành và rau. Ẩm thực Nhật Bản không lạm dụng nhiều gia vị mà chú trọng làm nổi bật hương vị tinh khiết tự nhiên của món ăn. Thường các món ăn Nhật có vị thanh tao, nhẹ nhàng và phù hợp với thiên nhiên từng mùa. 
Hình 1: Các món ăn cơ bản trong một bữa ăn của người Nhật. 
 
Cách nêm nếm của người Nhật Bản cũng đi theo thứ tự nguyên âm của bảng chữ cái tiếng Nhật (sa/shi/su/se/so).
Sa: đường, rượu 
Shi: muối
su: giấm
Se: nước tương
So: đậu tương miso
Trong đó, người Nhật sử dụng rượu Mirin (rượu nấu ăn Nhật Bản) để tạo nên độ ngọt tự nhiên trong món ăn. Thành phần rượu trong Mirin cũng giảm độ tanh của cá, giúp làm ngấm gia vị và ngăn không cho thức ăn bị nát khi ninh. Thành phần đường trong mirin giúp thêm vị ngọt vào thức ăn, làm bóng các món nướng và tạo ra mùi thơm. Mirin là loại gia vị phổ biến không thể thiếu trong các bếp của gia đình Nhật Bản. 
Hình 2: Rượu Mirin không thể thiếu trong món ăn Nhật.
 
Nước tương hay xì dầu có nguồn gốc từ Trung Quốc, là một loại nước chấm được sản xuất bằng cách lên men hạt đậu tương, ngũ cốc rang chín, nước và muối ăn. Nhưng nước tương Nhật Bản (Shouyu) thường có một nửa là đậu tương, một nửa là lúa mỳ nên có vị ngọt hơn loại của Trung Quốc. Hai loại này không thể thay thế nhau khi chế biến món ăn Nhật Bản. 
Hình 3: Nước tương tốt cho sức khỏe làm từ đậu nành
 
Tương đậu Miso là gia vị truyền thống của Nhật, được làm chủ yếu từ đậu nành cùng với gạo, lúa mạch rồi cho lên men trộn cùng với muối và nấm kojikin. Thành phẩm cuối cùng sau khi lên men là một loại sốt đặc sánh dùng để làm tương, nước sốt; để muối rau cải hay thịt các loại; hoặc nấu chung với nước dùng dashi để tạo ra món canh miso. Miso đặc trưng với vị mặn, nhưng kèm theo đó là mùi thơm và hương vị của riêng từng vùng;tuỳ thuộc vào thành phần nguyên liệu và phương pháp chế biến, lên men. Điểm khác biệt đó giữa các vùng có thể kể đến như: độ mặn, ngọt, đặc sánh, màu sắc, hương thơm và độ ngọt riêng (của củ quả tạo nên). 
Hình 4: Miso có rất nhiều màu sắc tùy theo thành phần và thời gian ủ.
 
Thứ tự nêm gia vị ở trên được rút ra từ phản ứng hoá học của mỗi loại gia vị khi được nêm vào thức ăn. Cách nêm các gia vị vào món ăn vào thời điểm nào được cho là yếu tố quan trọng để tạo được vị món ăn ngon đậm đà hơn.
Các gia vị trên là những thành phần chính đóng vai trò quan trọng nhất làm nên nền ẩm thực Nhật Bản nói chung và văn hóa của quốc gia này. Văn hóa ẩm thực Nhật nay đã tạo dấu ấn riêng chinh phục nền ẩm thực thế giới.